Hovedbanegården i Tokyo hedder Tokyo Station. Herfra kører der flere forskellige linjer. Vigtigst af alt er det også herfra du finder Shinkansen højhastighedstogene, hvis du skal rejse nordpå mod Sapporo eller sydvest på mod Osaka og Kyoto. Tokyo Station er kæmpe stor, hvor togene kommer ind på flere etager. Hvis du ønsker at tage Shinkansen højhastighedstoget fra en mere bekvem station, kan det anbefales at benytte Ueno eller Shinagawa Station som begge ligger centralt i Tokyo. 

Ueno Station er Tokyos nordlige hovedbanegård, og betjener alle Shinkansen højhastighedstog som kører nord for Tokyo (f.eks. Sendai, Nagano, Yamagata og Nikko). Fra Ueno Station finder du også Keisei Skyliner til Narita Lufthavn. 

Shinagawa Station er Tokyos sydlige hovedbanegård, og betjener alle Shinkansen højhastighedstog som kører sydvest for Tokyo (f.eks. Kyoto, Osaka, Hakone og Yokohama). Fra Shinagawa Station finder du også JR Narita Express til Narita Lufthavn. 

Shinjuku Station er Tokyos vestlige hovedbanegård. Stationen er verdenens travleste med godt 3,6 millioner daglige passagerer. Herfra kører utallige toglinjer, og forbinder Tokyo med bl.a. Matsumoto, Hakone og Nikko.
Fra Shinjuku Station kører der også regionale busser, til Nagano (Hakuba), Mt. Fuji og Osaka.

Til venstre finder du en liste over de mest gængse rejseruter til/fra Tokyo.
For mere information, se www.hyperdia.com/en